בתפארת יצחק מושם דגש עמוק לא רק על העברת ידע, אלא על בניית מיומנויות יסוד קריטיות כבר מגיל הרך. הכנה מוקדמת ונכונה מקנה לכל תלמיד מסגרת חזקה להמשך דרכו:

• מלמד קריאה ייחודי מלווה את הילדים מהפעוטון, ומקנה בהצלחה כבר מגיל שנתיים את יסודות האותיות והקריאה. ילדי הגנים מסיימים את מסלול הגיל הרך כשהם שולטים בקריאה שוטפת ובמוכנות גבוהה מאוד לכיתה א'.

שלוש מסגרות לגיל הרך פועלות על טהרת הקודש:

• פעוטון גן לא "גליאי" (גילאי 1.5–2.5) – חום ואהבה ראשוניים, בניית אורח חיים מסודר ומחובר לקדושה.
• גן יצחק (מכינה א') (גילאי 3–5) – הקניית מיומנויות יסוד: אהבת תורה, יראת שמים, תשומת לב אישית.
• גן רפאל (מכינה ב') (גילאי 4–5) – יסודות לימודיים ורוחניים לקראת מעבר חלק לבית הספר, תוך שמירה על אווירה שמחה וקדושה.

מסגרת צהרונים קיימת עבור הילדים בגנים ובכיתה א', וזאת במטרה לאפשר להורים להמשיך בעבודתם ולהבטיח לילדיהם העשרה לימודית בנוסף לשעות הלימודים הרגילות. הצהרונים אינם רק מקום להשגחה, אלא פלטפורמה נוספת להעמקת הלימודים במגוון תחומים